安裝MySQL5.1過程中，我把以前MySQL5.0的GUI工具和服務器全部刪掉，安裝目錄全部刪掉，數據文件目錄名字改掉，注冊表用完美卸載清理了。
然后重啟安裝MySQL5.1（我以前遇到過服務啟動不了的情況，這樣做就搞定了），可配置到最后一步時出現Cannot create windows service for MySQL.error:0錯誤，把配置工具關掉重?幾次都不行，后來百度了下，聽說要在系統?理員用戶下執行sc delete mysql刪除MySQL服務后再啟動配置工具配置，實在不行重啟后再試。
我刪掉服務再配置還是同樣錯誤，再刪掉服務，重啟后配置還是不行。
又在網上參考了好些文章，最后解決辦法如下：

1.出現錯誤后關掉配置工具，在系統管理員帳戶下執行命令：sc delete mysql（mysql是服務名，根據你的服務名定）；

2.刪除C:/Documents and Settings/All Users/Application Data/MySQL/MySQL Server 5.1/data目錄下ib_logfile0、ib_logfile1兩個文件刪除，順便說句，此目錄下有個err文件，是以主機名命名的，里面記載著錯誤信息，類似下面這段：

InnoDB: The first specified data file E:/Data/ibdata1 did not exist:

InnoDB: a new database to be created! 
  090501 19:20:08 InnoDB: Setting file E:/Data/ibdata1 size to 10 MB 
  InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 
  InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size 0 48234496 bytes 
  InnoDB: than specified in the .cnf file 0 17825792 bytes! 
  090501 19:20:09 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error. 
  090501 19:20:09 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed. 
  090501 19:20:09 [ERROR] Unknown/unsupported table type: INNODB 
  090501 19:20:09 [ERROR] Aborting 
  090501 19:20:09 [Warning] Forcing shutdown of 1 plugins 
  090501 19:20:09 [Note] E:/Program Files/MySQL/MySQL Server/bin/mysqld: Shutdown complete

3.刪除配置時指定的數據文件目錄，好像當時我的不能立即刪除，我用unlocker刪除時它說要下次重啟時刪除。

4.重啟。

5.啟動配置工具配置。

這次就成功了。

感謝提供幫助信息的前輩們，也希望對出現同樣錯誤的朋友有幫助。